تیر تحریم کنندگان سومین دوره انتخابات ریاست جمهوری که با نامزدی آیت‌الله خامنه‌ای و اقبال گسترده مردم مواجه شده بود به سنگ خورد و آن میزان مشارکت برای هیچ دوره ریاست جمهوری دیگر تکرار نشد.
امام در سومین انتخابات ریاست جمهوری پذیرفت که یکی از روحانیون نامزد انتخابات شود و آیت‌الله خامنه‌ای، امام جمعه تهران، نماینده مجلس شورای اسلامی و نماینده امام خمینی(ره) در شورای عالی دفاع، روز یکشنبه ۲۲ شهریورماه ۱۳۶۰ برای انتخابات ریاست جمهوری سوم نام‌نویسی کرد.
برای اولین بار بود که یک روحانی، کاندیدای ریاست جمهوری می‌شد. نامزدهای دیگر انتخابات به ترتیب مرحوم «علی‌اکبر پرورش» نماینده وقت مردم اصفهان در مجلس شورای اسلامی، مرحوم «سیدرضا زواره‌ای» معاون اسبق وزارت کشور و «حسن غفوری‌فرد» وزیر نیروی دولت دوم بودند.
آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای به رغم به سر بردن در شرایط پس از ترور، درخواست‌های گسترده نیروهای انقلاب را برای پذیرش کاندیداتوری پذیرفت.
فضای سیاسی کشور در آستانه انتخابات
فضای سیاسی کشور در آستانه انتخابات دور سوم ریاست‌جمهوری نه تنها آرام‌تر نشد، بلکه با ورود سازمان مجاهدین خلق (منافقین) در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ به فاز مسلحانه متشنج‌تر از دو دوره قبل شد. با مشخص شدن خط‌کشی‌های سیاسی، جریان‌های معاند با نظام مقدس جمهوری اسلامی با همه توان خود در پی آن بودند که مردم را از شرکت در انتخابات باز دارند. در این میان سازمانی که پا را فراتر از فعالیت سیاسی گذاشت و با ترور و ایجاد رعب و وحشت سعی داشت روز انتخابات مردم در خانه‌ها بمانند و از حضور در پای صندوق رای خودداری کنند، مجاهدین خلق بودند که مردم به حق نام منافقین بر آنها گذاشتند.
گزینه دیگری که تیر تحریم‌کنندگان سومین دوره انتخابات ریاست جمهوری را به سنگ زد، نامزدی آیت‌الله خامنه‌ای بود که با اقبال گسترده مردم مواجه شد. مردم نه از ترور منافقین خوفی به دل راه دادند و نه گوش به سیاسیون تحریم‌کننده انتخابات سپردند. میزان مشارکت مردم نسبت به دو دوره گذشته بیشتر شد. به عنوان مثال درصد مشارکت در تهران ۱۲ درصد، در آذربایجان شرقی ۱۴ درصد، در هرمزگان ۱۱ درصد و در سیستان و بلوچستان ۱۶ درصد نسبت به دوره دوم انتخابات ریاست جمهوری رشد داشت.
اما مردم با رهبری هدایتگر امام امت، بیدی نبودند که با این باد‌ها بلرزند و حضرت امام با پیش بینی هدف شوم منافقین در پیامی خطاب به ملت ایران فرمودند: «این شرارت‌ها برای آن است که شما را از رفتن پای صندوق‌ها بترسانند.»
۱۰ مهر ۱۳۶۰ امام خمینی در سومین دوره انتخابات ریاست جمهوری، رای خود را به صندوق انداخت
پس از برگزاری انتخابات نتایج زیر حاصل شد:
تعداد واجدین شرایط: ۲۲ میلیون و ۶۸۷ هزار و ۱۷ نفر
تعداد رای‌دهندگان: ۱۶ میلیون و ۸۴۷ هزار و ۷۱۷ نفر
درصد مشارکت: ۷۴.۲ درصد
رئیس‌جمهوری منتخب: آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای با ۱۵ میلیون و ۹۰۵ هزار و ۹۰۵ هزار و ۹۸۷ رای معادل ۹۵ درصد کل آرا
نفر دوم: سیداکبر پرورش
