روایت مدیر حوزه های علمیه از اهم و احب امور نزد رهبر معظم انقلاب! فرهنگ کلان گفتارها: نهادهای گفتار جمعی ساز! تصویرسازی منفی و مستمر اینترنشنال از حوزه و روحانیت جزئیات برنامههای آموزشی حوزه علمیه قم طلبه های بااستعداد نباید در قرض و بدهی بمانند / شیخ طوسی ۱۲ برابر سایر طلاب شهریه می گرفت! +خاطرات پیادهروی اربعین با شهید سیدمصطفی خمینی وسط این سیستم اداری فشل، چطور برترین حوزه را انتخاب می کنید؟! اندر لزوم تبیین حداکثری اقدامات شورای نگهبان گاهی هم نزد من میآمد و مقداری شکایت میکرد… آداب طرح نظر جدید در حوزه های علمیه! تجاری سازی، بسته بندی و قسط بندی امر دینی! امام جمعهای که با دخترش پشت تریبون نماز جمعه رفت اما و اگرهای بودجه دولتی حوزه علمیه مَدرسهای بیاستاد؛ مدرسه یا خوابگاه؟ شهیدانه خوی؛ نمونه ای از گروه های کوچک مردمی در عرصه جهاد فرهنگی
امام، نامههای متعددی به آیتالله منتظری نوشتهاند که مشهورترین آنها نامه ۶ فروردین ۱۳۶۸ مبنی بر عدم صلاحیت او برای تصدی رهبری نظام جمهوری اسلامی است.
طی یک دوره اتفاقات با محوریت سیدمهدی هاشمی همچنین موضعگیریها و اقدامات خلاف منافع ملی توسط ایشان، امام خمینی (قدس سره) طی نامهای در روز ششم فروردین 1368، ماجرای قائم مقامی ایشان را تمام شده اعلام کردند و او را از سمت قائممقامی عزل کردند.